Incapacidades médicas: quién paga cada tramo y qué hacer si no llega la plata

¿Qué norma regula hoy el pago de las incapacidades médicas?

Si buscas este tema vas a encontrar decenas de páginas citando artículos que ya no están donde dicen. El Decreto 1427 de 2022 sustituyó completo el Título 3 de la Parte 2 del Libro 2 del Decreto 780 de 2016, que es el que reglamenta las prestaciones económicas del sistema de salud —incapacidades de origen común y licencias de maternidad y paternidad—.

Importa para el reclamo y no solo para el rigor: citar la versión vieja le da a la EPS una salida fácil para responder que tu petición está mal fundada.

Lo que sí sobrevivió sin cambio es el artículo 3.2.1.10, que vive en otro libro del mismo decreto y es el que reparte los dos primeros días.

¿Qué requisitos debo cumplir para que me paguen la incapacidad?

El artículo 2.2.3.3.1, tal como quedó tras el Decreto 1427 de 2022, exige tres cosas para el reconocimiento y pago de una incapacidad de origen común: estar afiliado en calidad de cotizante, contar con el certificado expedido por el médico y —esta es la que sorprende— «haber cotizado efectivamente al Sistema General de Seguridad Social en Salud, como mínimo cuatro (4) semanas, inmediatamente anteriores al inicio de la incapacidad».

Cuatro semanas inmediatamente anteriores. Si acabas de empezar a cotizar o hubo una interrupción justo antes, ese es el primer punto que la EPS va a mirar, y conviene que tú lo mires antes.

Si eras trabajador dependiente y el aporte se descontó de tu salario, cumpliste tu parte aunque el empleador no lo haya trasladado. Guarda los desprendibles: son la prueba.

¿Quién paga la incapacidad según el número de días?

Los dos primeros días corren por cuenta del empleador. El parágrafo 1 del artículo 3.2.1.10 del Decreto 780 de 2016 dispone que «serán a cargo de los respectivos empleadores las prestaciones económicas correspondientes a los dos (2) primeros días de incapacidad originada por enfermedad general».

Del día 3 al 180 paga la EPS. El artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo fija el monto: dos terceras partes del salario durante los primeros noventa días y la mitad por el tiempo restante hasta el día 180. La Sentencia C-543 de 2007 lo condicionó con un piso que conviene citar siempre: el pago nunca puede quedar por debajo del salario mínimo legal vigente.

Del día 181 al 540 paga el fondo de pensiones. Ahí está el cambio grande, y va en la sección siguiente.

Más allá del día 540, el reconocimiento vuelve a la EPS, conforme al artículo 2.2.3.6.1 en su versión vigente, financiado con recursos del sistema.

¿Quién paga la incapacidad después del día 180?

La regla que todo el mundo repite es que el fondo de pensiones paga del día 181 al 540 «previo concepto favorable de rehabilitación». Eso dejó de ser exacto.

En la Sentencia C-270 de 2023 la Corte Constitucional consideró contrario a la Constitución exigir un concepto favorable para reconocer las incapacidades entre los días 181 y 540, y concluyó que el pago debe garantizarse tanto a quien tiene concepto favorable como a quien lo tiene desfavorable. El argumento es de igualdad: quien recibió un pronóstico desfavorable, no accedió a pensión de invalidez y tampoco está en condiciones de volver a trabajar quedaba sin protección alguna.

Así que el fondo de pensiones asume el pago de los días 181 a 540 sea el concepto favorable o desfavorable. Si tu AFP te niega el pago invocando un concepto desfavorable, esa negativa contradice la sentencia.

Hay una excepción con destinatario distinto: cuando la EPS no emitió el concepto de rehabilitación, la obligación de pagar desde el día 181 se mantiene en cabeza de la EPS hasta que cumpla ese deber. La EPS debe examinarte y emitir el concepto antes del día 120, y remitirlo a la AFP antes del día 150.

¿Quién paga si la incapacidad es por un accidente de trabajo?

Si la incapacidad viene de un accidente de trabajo o de una enfermedad laboral, paga la ARL desde el día uno y con el cien por ciento del salario. No hay tramos ni descuento.

Por eso importa tanto cómo quedó calificado el origen. Una incapacidad calificada como común cuando en realidad es laboral te cuesta un tercio del ingreso desde el primer día.

La calificación del origen es controvertible ante las juntas de calificación de invalidez, y conviene hacerlo pronto: los términos para objetar son cortos.

¿Qué hago si no me pagan la incapacidad?

El empleador es tu primer canal. Por regla general él te paga la incapacidad en la nómina y luego recobra a la EPS. Si te dice que no paga «porque la EPS no ha girado», sigue debiéndote a ti: su trámite de recobro no suspende tu derecho.

Radica derecho de petición ante quien corresponda según el tramo —EPS o AFP— con el detalle exacto: fechas de cada incapacidad, número de días y valor reclamado. Un reclamo con la cuenta hecha se responde distinto de uno que pide «que me paguen».

Si el no pago compromete tu mínimo vital, la tutela procede. La Corte Constitucional protege por esta vía el pago de incapacidades cuando son la única fuente de ingreso del trabajador y de su familia, y en el tramo de los 181 días la Sentencia C-270 de 2023 te da además un argumento directo.

Y hay una vía que casi nadie usa: la Superintendencia Nacional de Salud puede fallar como juez sobre el reconocimiento económico en los asuntos del artículo 41 de la Ley 1122, con términos mucho más cortos que un proceso ordinario.

¿Lo puedes hacer solo o necesitas abogado?

El derecho de petición y la tutela los puedes hacer solo, y en incapacidades la tutela funciona bien cuando hay mínimo vital comprometido.

Antes de escribir, arma la cuenta: fecha de inicio de cada incapacidad, días de cada una, tramo en el que caen y quién es el responsable de ese tramo. Buena parte de los reclamos fracasan porque van dirigidos a la entidad equivocada.

El abogado aporta cuando se acumulan varios meses, cuando hay que controvertir la calificación del origen, o cuando la AFP y la EPS se devuelven el caso entre ellas — ese es el escenario clásico y el que más rápido se destraba con una tutela bien dirigida contra las dos.